La Fundación es dirigida por la Asamblea General de Asociados, de donde se conforma el Consejo Directivo integrado por 21 representantes de exitosas empresas mexicanas, se cuenta además con 7 Comités de Trabajo conformados por miembros del Consejo Directivo, asesores externos y un miembro del equipo directivo para desarrollar la estrategia y planeación del trabajo de la Fundación. El equipo operativo está integrado por 30 profesionales multidisciplinarios en la oficina nacional y oficinas de campo.

La oficina nacional se ubica en el Distrito Federal, extendiendo su alcance a 16 entidades de la República Mexicana a través de 4 oficinas de campo y 14 centrales de desarrollo: Organizaciones del sector rural que están afiliadas a la Fundación Mexicana para el Desarrollo Rural, A.C. compartiendo principios, estrategias y su Metodología.

La oficina nacional planea, diseña y administra los recursos del programa con el respaldo de su estructura. Se cuenta además con el apoyo de proveedores de insumos quienes, dan financiamiento para los proyectos, y apoyan con la asistencia y capacitación técnica en la operación.

Consejo Directivo 2009-2010

Presidente Honorario Vitalicio:

Lorenzo Servitje Sendra

Presidente del Consejo Directivo

Matías Gómez Barreto

Vicepresidente del Consejo Directivo

Fernando Lerdo de Tejada

Secretario del Consejo Directivo

Roberto Cassis Zacarías

ProSecretario del Consejo Directivo

Roberto Cassis Karam

CONSEJEROS

- Alberto Castelazo y López

- Carlos García Muriel

- Eduardo Coello Figueroa

- Fernando Casas Bernard

- Fernando Mestre Noriega

- Francisco Laresgoiti Hernández

- Gerardo R. Bours Castelo

- Gustavo Lara Cantú

- Ignacio Pérez Lizaur

- Jorge Familiar Haro

- José Antonio Muñiz Álvarez

- José Luis Ávalos del Moral

- José María Basagoiti Caicoya

- José Manuel Madero Garza

- Juan Suberville Tron

- Kenneth Shwedel Schlesinger

- Lorenzo Sendra Mata

- Nicolás Mariscal Sevitje

- Rodolfo López Denigris

COMITÉ DE APOYO AL CONSEJO DIRECTIVO

Gobierno, Prácticas Societarias y Compensaciones: 
Carlos García Muriel

Auditoría:
José Luis Avalos del Moral

Procuración de Fondos, Imagen y Comunicación:
Javier Salas Parés

Educación:
Benjamín Llano Obregón

Nominación:
Lorenzo Servitje Sendra

Proyectos:
Gustavo Lara Cantú 

Planeación Estratégica
Alberto Castelazo y López

Relación con Centrales:                                              
Juan Suberville Tron
 

CONSEJO HONORARIO

- Alfredo Achar Tussie

- Rubén Aguilar Monteverde

- Ignacio Aranguren Castiello

- Pedro Aspe Armella

- José Carral Escalante

- Rogerio Casas-Alatriste Hernández

- Fernando Casas Bernard

- Alberto Castelazo y López

- Fernando Chico Pardo

- Juan Carlos Cortés García

- Gotzon de Anuzita Zubizarreta

- Jorge Familar Haro

- Juan Ignacio Gallardo Thurlow

- Julio Gutiérrez Trujillo

- Gustavo Lara Cantú

- Agustín Legorreta Chauvet

- Fernando Lerdo de Tejada Luna

- Prudencio López Martínez

- Antonio Madero Bracho

- Miguel Mancera Aguayo

- Alberto Núñez Esteva

- Armando Paredes Arroyo-Loza

- José Porrero Lichtle

- Enrique Portilla Ibargüengoitia

- Enrique Rojas Mota Velasco

- Mario Sánchez Ruíz

- Lorenzo Servitje Sendra

- Kenneth Shwedel Schlesinger

- Martha Smith de Rangel

- Rolando Vega Sáenz

- Ernesto Vega Velasco

EXPRESIDENTES DEL CONSEJO DIRECTIVO

- Alberto Castelazo y López

- Rogerio Casas Alatriste

- Fernando Marcos Casas Bernard

- Ignacio Cortina Bermejillo (+)

- Gotzon de Anuzita Zubizarreta

- Jorge Familiar Haro

- Ignacio Hernández Pons  (+)

- Javier López del Bosque (+)

- Javier Martínez Vértiz  (+)

- Alberto Núñez Esteva

- Jorge Orvañanos Zúñiga  (+)

- José Porrero Litchtle

- Alejandro Rocha Garza (+)

- Lorenzo Servitje Sendra

- Alfonso Urbina Jiménez  (+)